全自動液液萃取儀可自動完成萃取、加液、放氣、清洗、排廢等一系列操作，無需人工干預，減少了人為誤差，提高了實驗結果的準確性和重復性，同時也大大減輕了實驗人員的勞動強度。
影響全自動液液萃取儀的萃取效率的因素有：
1、儀器參數設置
萃取時間：
萃取時間不足會導致目標物未充分轉移；時間過長則可能因溶劑揮發或雜質共萃取增加而降低效率。需根據目標物性質設定。
混合強度與方式：
全自動儀器通過振蕩、鼓氣或攪拌實現混合，強度不足會導致兩相接觸不充分；強度過高可能導致乳化。
相比：
有機相比例過低可能無法完*解目標物；比例過高則會稀釋目標物，增加后續濃縮難度。
單次萃取效率有*時，可通過多次萃取提高回收率。全自動儀器可設置多次萃取程序，自動完成溶劑更換和合并，減少人為操作。
2、操作與環境因素
溫度
溫度升高可能增加目標物在有機相中的溶解度，但也可能導致溶劑揮發或分層變差。需控制在室溫或特定溫度，避免劇烈波動。
乳化現象
樣品基質中含表面活性劑、蛋白質等物質時，易形成乳化層，阻礙兩相分離。全自動儀器通常配備破乳功能，若破乳不徹*，會導致目標物殘留于乳化層，降低效率。
儀器密封性
萃取過程中若密封不良，會導致有機溶劑揮發(尤其是低沸點溶劑)，改變相比并損失目標物。儀器的萃取瓶接口、氣路/液路閥門密封性需定期檢查。
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