分子蒸餾儀的應用領域主要包括以下幾類：

1. **高沸點物質的提取**：許多物質在高溫下具有較好的穩定性，如高沸點芳香族化合物的提取。分子蒸餾無需對流，因此特別適用于提取在高溫下不易揮發的、處于膠束或締合狀態的物質。
2. **高純度物質的制備**：在化工、輕工、食品、醫藥、生化等領域中，有許多高沸點物質的制備純化，分子蒸餾是制備高純度物質的有效方法。
3. **高分子材料加工**：分子蒸餾法操作壓力低、過程簡單、物料傳質速率快，因此比常規方法更能改善高分子的表面性能，有利于提高塑料和纖維等高分子材料的純度和等級。
4. **小分子化合物的回收**：有些物質在常壓下蒸餾，由于沸點很高，不能直接用普通蒸餾、萃取等操作進行分離。例如，某些有機物和無機鹽類等。
5. **高分子量共聚物分離**：對于一些高分子量共聚物的分離，由于分子量大，分子間作用力強，常規的分離方法很難得到很好的效果，而利用分子蒸餾可以得到很好的分離效果。
6. **生物物質的提取和純化**：包括蛋白質、天然產物、生物堿、色素等物質的提取和純化。
7. **納米顆粒制備**：在納米材料制備過程中，有時需要分離純化某個組分，由于納米顆粒尺寸小，傳質難度大，分子蒸餾可以更有效地分離和純化納米顆粒。

此外，分子蒸餾儀還可以應用于鋰電池中的有機溶劑的回收、特殊物料（如水性涂料的顏料）的脫揮發、超臨界CO?的提純等場景。